Hus se tedy patrně nijak neodříkal radostí studentského života. Přesto studium nijak nezanedbával a studentem byl úspěšným.
V roce 1393 dosáhl titulu bakaláře svobodných umění. O tři roky později promoval na magistra. Povinná dvouletá výuka na artistické fakultě nebyla pro Husa žádnou zátěží. Stejně tak bez okolků nastoupil studium na teologické fakultě. V roce 1400 byl vysvěcen na kněze. Tím tedy dosáhl svého původního cíle a měl před sebou tu kdysi vysněnou kariéru pohodlného života v blahobytu a hojnosti. Povaha a názory mladého kněze se ale už v této době formovaly poněkud jinak. Samozřejmě své nové názory nezískal ze dne na den. Ty se utvářely celá dlouhá léta. Hodně ho ovlivnila situace na univerzitě. Mimořádně vnímavý Hus ještě před vysvěcením na kněze často aktivně zasahoval do palčivých otázek, které tehdy pražským vysokým učením hýbaly. V zásadě se na akademické půdě univerzity objevoval okruh tří zásadních problémů, o kterých se prakticky denně diskutovalo. Prvním byl rozkol v katolické církvi, spojený se schizmatem, druhým neutěšená vnitropolitická situace v Čechách/spory krále Václava IV. s vysokou šlechtou i církví/ a třetí sílící český živel na univerzitě se snaží vymanit z převahy cizáků-především Němců. Je zřejmé, že akademická půda na univerzitě a její členové-pedagogičtí mistři i studenti nebyly nějakým skleníkem, ale právě naopak půdou vyloženě žhavou a na různých stranách pukající, jak při zemětřesení. Otřesů v průběhu let stále přibývalo a jejich intenzita rostla. Mísily se při tom třenice národnostní,politické, náboženské teoretické i osobně prestižní. A v takovémto prostředí plném svárů se utvářela povaha i názory Mistra Jana Husa. Hus zrál uprostřed sílících svárů. A brzy postřehl onen závažný rozpor teorie a praxe, konflikt mezi slovy a skutky. Setkával se s učenými muži,kteří přednášeli vznešené teorie-hlubokomyslné úvahy o ctnostném křesťanském životě,sami se však v každodenním konání k oněm věčným pravdám nikterak nehlásili. Kázání ctností nebylo provázeno ctnostným životem. To poznal mladý Hus už záhy. Srážka hlásaných ideálů s realitou je problémem, který se do mladíkovi mysli vtírá čím dál častěji i neodbytněji. Co dělat? Jak se zachovat ve světě falešných hodnot? Nutno zdůraznit,že Hus po celý život nepřestal být upřímně věřícím člověkem. Proto bylo pro jeho myšlení charakteristické,že netíhlo vpřed do budoucnosti,nýbrž obracelo se zpátky do minulosti k původním ideálům křesťanské víry. Trvalo snad 10 let, než Hus skutečně nalezl svou cestu. Už netoužil po blahobytném životě jako kdysi, třebaže si ho po vvsvěcení na kněze mohl dovolit. Žít a jednat podle původních křesťanských ideálů-v tom našel smysl svého života. Zpočátku o problémech ideálu a reality horlivě diskutoval jen na akademické půdě a tady nebezpečí nehrozilo. Vždyť podobné diskuse tady vedl kde kdo.
Nejdůležitější část své akademické a názorové výzbroje nalezl Hus v náboženských traktátech anglického teologa Jana Viklefa. Když se mu jeho spisy dostaly do rukou a on je studoval a překládal, dělal to doslova se zatajeným dechem.
,,Viklef, Viklef, nejednomu ty hlavu zvikleš!“ napsal Hus obdivně na okraj jednoho z traktátů ,,evangelického doktora“.
14.března 1402 se za takovýchto názorů stal Mistr Jan českým kazatelem v nedávno postavené Kapli betlémské na Starém městě.
