Po smrti Zbyňka Zajíce z Házmburka se stal novým arcibiskupem dosavadní osobní lékař krále Václava Albík z Uničova. Byl sice výtečným lékařem, ale církevní problematice nerozuměl téměř vůbec. Do záležitostí Jana Husa se prakticky vůbec nepletl. Papež JanXIII. bývalý válečník se připravoval na válku s avignonským Řehořem XII. Na tu potřeboval peníze. Jak je získat? Prodejem odpustků,jak jinak. Uspořádal doslova bombastickou odpustkovou akci. Paradox-za příspěvek na krveprolévání si mohli věřící koupit odpuštění v podstatě i sebetěžších hříchů. Prodavači odpustků zavítali do Prahy v květnu 1412. Nové kramaření s odpustky vyvolalo i díky Husovi mezi Pražany pobouření a nepokoje. Mistr Jan hřímal proti odpustkům z kazatelny. Prodej odpustků ale nyní schválil oficiálně král Václav. Pražský lid ale stál na mistrově straně. V Praze došlo k řadě výtržností. Tenkrát se Hus a král definitivně rozešli. Vzdor lidu vztáhl Václav na sebe. Vydal proto zákaz všech demonstrací. Dryáčnické prodávání odpustků, schválené králem se projednávalo také na univerzitě. Mistři se báli postavit proti králově vůli. V těch dramatických dnech se mistr Jan rozešel se svým dlouholetým přítelem Štěpánem z Pálče. Tento děkan teologie na univerzitě vydal zákaz kritizovat odpustkové buly. Hus neuposlechl. To popudilo krále Václava téměř k nepříčetnosti. Král se připojil k odpůrcům Viklefistů a Hus ztratil poslední významnou oporu.
Současně se znovu ozval Řím. Papež nad Husem vyhlásil nejvyšší stupeň klatby. Kdo by se napříště s Husem stýkal,nebo mu pomáhal, mohl být i upálen. A to už bylo zlé. Mistr Jan musel učinit nějaké rozhodnutí aby těžko řešitelnou situaci nějak vyřešil. Protože nechtěl své věrné Pražany vystavovat smrtelnému nebezpečí,rozhodl se z vlastní vůle Prahu natrvalo opustit. Na podzim roku 1412 skutečně z Prahy odešel. Až do svého dalšího odchodu do Kostnice žil pak v podstatě ve vyhnanství, nejprve na jihočeském Kozím Hrádku poblíž Sezimova Ústí. Nezahálel však ani tady a kázal, jak sám říkal mezi ploty pod širým nebem venkovskému lidu. I tady si záhy získal velkou oblibu. V létě roku 1414 přijal pozvání od člena korunní rady Lefla z Lažan a odešel na jeho hrad Krakovec na Rakovnicku. Krátký sotva tříměsíční pobyt na Krakovci byl posledním místem pobytu Husa na českém území. Pak už následovala jen švýcarská Kostnice do které se z Krakovce s doprovodem vypravil 11. října téhož roku.
