Němečtí mistři i studenti odešli z Prahy, Hus byl zvolen rektorem počeštělé univerzity a přece období zhruba od roku 1410 je počátkem jeho boje za ideály na život a na smrt. Bývalý přítel arcibiskup Zbyněk Zajíc z Házmburka společně s novým papežem Janem XXIII. jsou nyní jeho úhlavními nepřáteli. V době, kdy byl Hus zvolen rektorem arcibiskup Zbyněk se naopak jednoznačně podal papeži. Již v prosinci roku 1409 vydal ještě starý papež Alexandr bulu,kterou zakázal kázání mimo farní, klášterní a biskupské kostely. Týkalo se to tedy i Kaple betlémské. Českému arcibiskupovi poskytl pravomoc společně s radou expertů prozkoumat Viklefovy spisy a pokud na nich shledá něco kacířského, může jednat libovolně podle svého uvážení, rozhodně však s maximální přísností. To byl důležitý moment. Husova pře se Zbyňkem vstoupila definitivně na mezinárodní forum. Mistr Jan zatím kázat v Betlémě nepřestal, i když za normálních okolností musel vědět, že nemůže uspět. Papež Alexandr sice zemřel, ale jeho nástupce Jan XXIII. si počínal stejně nekompromisně.
Arcibiskup Zbyněk dne 16.července 1410 se odhodlal k přímému útoku na české kacíře. Na nádvoří svého arcibiskupského paláce dal veřejně spálit před časem zabavené Viklefovi spisy, aniž pořádně znal jejich obsah. Nebylo divu,že se vzápětí nato začal v pražských ulicích zpívat posměšný popěvek: ,,Zbyněk Zajíc abeceda spálil knihy a nevěda, co v nich psáno…“/Arcibiskup se v té době teprve začínal učit číst a snad i psát./ A situace se začala rychle přiostřovat. Zbyněk vydal na Husa Klatbu a zároveň poslal do Říma novou, teď už vyloženě nenávistnou stížnost na betlémského kazatele. v srpnu téhož roku se papež k arcibiskupově klatbě přidal. Smělý kazatel na nic nedbal a dál bouřil v Betlémě. V březnu roku 1411 byl Hus veřejně vyhlášen za prokletého odpadlíka. Odezva byla bouřlivá. Milovaného kazatele se zastal lid, který výtržnostmi v ulicích a útoky na kleriky bránil Husovo učení. Do problémů se sice vložil král Václav, který se ještě snažil Husa hájit. Na arcibiskupovi požadoval, aby se problémy řešily doma a nikoli v Římě, ale Zbyněk už byl neústupný. Král se ocitl v nepříjemné situaci. Jeho země byla v cizině považována za kacířskou. Král začal na Zbyňka zostřovat útoky. Arcibiskup sáhl po odvetě. Vyhlásil v Praze tzv. Interdikt tj. zákaz všech církevních obřadů ve městě od křtů, přes svaté přijímání až po pohřby. To už byla pro Prahu a především její obyvatelstvo prakticky neřešitelná situace. Arcibiskup se navíc pokusil požádat o pomoc králova bratra-uherského krále Zikmunda. Měli se spolu setkat na podzim roku 1411 v Prešpurku/dnešní Bratislavě/. Zbyněk tam ještě stačil dorazit, ale k žádnému jednání se Zikmundem už nedošlo, protože hned v zápětí po příjezdu arcibiskup zcela nečekaně zemřel ve věku pouhých 38 let. Hus díky nečekané arcibiskupově smrti získal možná jeden, možná dva roky života. Situace sporu Husa s papežem byla po Zbyňkově smrti aspoň načas zmrazena.
