Jan Žižka se po těžkém zranění a úplném oslepnutí zotavoval asi dva měsíce. Mezitím došlo k převratu v Praze. V jeho čele stál radikál Jan Želivský. Tento až ultralevicový kněz v této době už nebyl jen pouhým kazatelem, ale i významným politikem, když na nedávném sněmu v Čáslavi byl zvolen též do dvacítky prozatímních ,,vládců“. Měl velkou autoritu především u pražské chudiny a rozhodl se toho využít proti umírněným pražským kališníkům. Již 30. června roku 1421 se díky podpoře chudiny vypořádal v podstatě bez boje a většího násilí s konšely, tentokrát ze Starého města pražského. Jedním z hlavních důvodů, byla snaha konšelů dosadit na český trůn již zmíněného Zikmunda Korybutoviče na český trůn. Ale tento synovec litevského velkoknížete Vitolda byl přece katolík. Želivský přivedl před Staroměstskou radnici početný zástup ozbrojené chudiny a vyděšení konšelé raději sami kvapem své úřadovny opustili. Vítězný vůdce nejchudšího pražského lidu je pak nahradil vlastními přívrženci. Na přelomu června a července 1421 byl na vrcholu své moci.
V té době na severozápadu Čech podnikali drobné, ale časté nájezdy proti kališníkům bojovníci z Míšně. Jan Želivský se svými radikály proti nim vytáhl patrně jako hlavní vojenský velitel. Jeho stoupenci pak na severozápadě země vybojovali sice řadu drobnějších vítězství/např. dobytí Bíliny a několika klášterů/, ale při obléhání města Mostu byli začátkem srpna žoldáky z Míšně poraženi a rozprášeni. Další výpravy se po pouhých dvou měsících rekonvalescence již zúčastnil i slepý Jan Žižka. Třebaže do boje prakticky nezasáhl/vlastně ani nemusel/, stačila pouhá jeho přítomnost mezi radikály a míšenští ve strachu rychle opustili Čechy.
V této době už ale byla v konečné fázi příprav druhá křížová výprava proti husitům, složená hned z pěti v podstatě samostatných armád. Ty měly zaútočit do centra Čech a na Prahu ze všech možných směrů to znamená i z východu od Moravy, kterou díky zrádným moravským pánům stále držel Zikmund. Akce druhé křížové výpravy byla do detailů propracovaná. Všech pět armád mělo ze všech stran zaútočit koordinovaně. Právě koordinace však naprosto selhala. I když se druhé křižácké výpravy zúčastnilo celkově snad až 200 000 ozbrojenců/podle jiných údajů i o několik desítek tisíc méně/, nebyla výprava nakonec znovu úspěšná. Zatímco již na konci srpna 1421 vpadli křižáci na západě do Čech, Zikmund se ještě v polovině listopadu téhož roku účastnil sněmu v Brně. Pět křižáckých armád tak bylo možno likvidovat po částech. Na severozápadě se sice křižáci nejprve dostali až k husitskému Žatci, ale ten nedobyli ani po několika pokusech. Když pak žateckým přitáhla na pomoc husitská armáda/není zcela jisté zda v ní byl i sám Žižka/, křižácká armáda se poté od Žatce raději stáhla. Stejně brzy na to dopadla i armáda útočící ze severu, v níž byli především Slezané. Trochu složitější byl útok křižáků z jihozápadu na Plzensku. Tam už se Žižka nepochybně zúčastnil a byt slepý zde předvedl další mistrovský kousek. Nejprve se horko těžko bránil přesile plzenských jezdců na vrchu Vladaři u Žlutic. V největší nouzi se odhodlal k neobvyklému činu a v noci se i s vozy probil z obklíčení až do husitského Žatce.
Zikmund v té době stále nečinně pobýval na Moravě. Teprve na samém konci listopadu 1421, když jeho jednotky posílil příchod zetě Albrechta Rakouského a přidali se i bojovníci ze Slezka a moravští páni se s velkým zpožděním odhodlal k akci. Zdaleka největší ze všech původních pěti armád pak prošla bez boje Moravou a poblíž Jihlavy vpadla do Čech. Mezitím Praha a celé husitské Čechy mobilizovaly. Žižka přispěchal do hlavního města už začátkem prosince 1421. Byl nadšeně vítán jako budoucí zachránce zejména pražskou chudinou.
Jan Žižka rozložil své síly před Kutnou Horou s městem za zády. Jak se brzy ukázalo kutnohorským měštanům/z velké části stále německým/ právem nedůvěřoval. A kutnohorští v tom opravdu nezklamali. Těsně před vánocemi zrádně otevřeli město Zikmundovým oddílům. Zikmund se tak zmocnil Kutné Hory a nechal povraždit téměř všechny místní vyznavače kalicha. Žižkova armáda byla nečekaně obklíčena z východu i západu. A přece velký, i když již zcela slepý hejtman neprohrál. Nočním do poslední chvíle utajeným útokem se mu podařilo z obklíčení probít na východně položený vrch Kank, kde se jeho bojovníci rychle, ikdyž jen provizorně opevnili. Již při tomto Žižkově nočním průlomu patrně přímo středem křižáckého vojska poby
ili husité řadu většinou spících nepřátel. V této chvíli však zaváhali křižáčtí velitelé, mezi kterými byl znovu jako na Vítkově jeden z nejpřednějších evropských válečníků Pippo Spano. Průlom zřejmě považovali za Žižkův útěk z boje a s pronásledováním husitů nijak nespěchali.
Žižka tohoto krátkého času dokázal skvěle využít. Nechal rychle strhnout nepříliš výhodné provizorní ležení na Kanku a zmizel nepřátelům z dosahu.Zikmund již přesvědčený, že dosáhl snadného vítězství stále nikam nespěchal.Svým vojákům dokoce povolil vánoční odpočinek a rozptýlení po okolí. Dne 6. ledna následujícího roku 1422 se Žižka s dalšími posilami rychle vrátil ke Kutné Hoře a přímo z chodu zaútočil na stále rozptýlené křižáky. Zikmund i jeho vojáci tím byli dokonale zaskočeni. Něco podobného vůbec nepředpokládali. Křižácké vojsko se dalo na rychlý ústup, který se brzy změnil v bezhlavý útěk. Zikmund ještě nechal Kutnou Horu zapálit a rychle z ní zmizel také. Téhož dne bylo město obsazeno Žižkovými husity a aspon některé požáry se snad podařilo uhasit. Žižka nechal prchající křižáky okamžitě pronásledovat. Pronásledovatelé se drželi v těsném závěsu, čímž byl ohrožen samotný Zikmund. Proto dal římský císař zadnímu voji křižáckého vojska u Haber rozkaz zastavit, nebo aspon zpomalit pronásledovatele. Nepodařilo se ani jedno. U Haber byli křižáci rychle poraženi a zbytky jich utekly do nedalekého Německého/dnes samozřejmě Havlíčkova/ Brodu. Již 10. ledna však Žižka dobyl i toto město. Zbytek Zikmundem obětovaného křižáckého vojska, složený převážně z těkých obrněných rytířů se pak na útěku utopil v jen polozamrzlé řece Sázavě. Žižkovo vítězství nad druhou kruciátou tak bylo jednoznačné a definitivní.
