Již zmíněného roku 1408 začala na půdě pražské univerzity krize, která pak vešla do dějin pod názvem Dekret kutnohorský. O co vlastně šlo? Vše začalo udáním německého univerzitního mistra Meistermanna u římské kurie na českého mistra Stanislava ze Znojma, že ten je na univerzitě hlavou sektářské skupiny ,která hlásá a rozšiřuje bludné názory Jana Viklefa. Řím reagoval rychle a tvrdě. Už v dubnu vynesl rozsudek ,v němž se s okamžitou platností zakazovalo šíření uvedených ,,bludů“.Stanislav se musel dostavit před papežskou stolici, aby se tu zodpovídal. Viklefovy spisy měly být zabaveny. Staré hádky mezi konzervativními německými mistry a českými učenci okouzlenými Viklefem přerostly nyní do zásadního náboženského i národnostního konfliktu mezi německým a českým univerzitním živlem. A situace začne mít brzy rychlý spád.
Květen 1408-Koná se shromáždění příslušníků českého univerzitního národa. V souvislosti s příkazem ze Říma mají mistři veřejně odsoudit 45 Viklefových tezí.
Červen 1408-Útok proti českým Viklefistům a to už s evidentním zahrocením vůči Husovi zahajuje i duchovenstvo. Na pražské synodě se rodí zákaz při českých kázáních veřejně napadat kněžstvo
Červenec 1408-Arcibiskup Zbyněk Zajíc z Házmburka se zmítá uprostřed rozporů. Z Říma na něho útočí, aby konečně zakročil a vyplel ,,Viklefovo býlí“. Arcibiskup řeší dilema. Nechce Husovi ublížit, ale co dělat, když se v Římě ví o existenci kacířů v Čechách, jako muž Řimu podléhající by měl opravdu zakročit. Nakonec situaci řeší šalamounsky. Tvrdí Římu, že vše řádně prošetřil, ale žádné kacířství v Čechách nenalezl. Žel zanedlouho bude zcela opačného mínění.
Srpen 1408-Svůj hlas pozvedají pražští faráři. Konečně se osmělují přímo zaútočit na Husa. Obviňují ho u arcibiskupa ze tří bludů, které ovšem opravdu prohlásil.
V Římě je už nový papež Alexandr a ten začne s útoky na arcibiskupa. Zbyněk je v pasti. Hrozí mu pád. Jaký má zaujmout postoj? Co má dělat? Uprostřed největší tísně ho železná logika vhání do tábora reakce. Bude tvrdý. Netuší, že tím zničí i sám sebe. Avšak jeho dosavadní postoj k Husovi se prudce změní. Zbyňkův boj s Husem a českým kacířstvím propuká naplno.
Jaro 1409-Zbyněk nařizuje, aby se všichni držitelé Viklefových spisů dostavili do arcibiskupského paláce a spisy odevzdali.
Před arcibiskupským palácem dochází k masové demonstraci. Zbyňkův hněv, posilovaný ještě spory s králem roste. Jeho někdejší přátelství s Husem se rozpadá docela a definitivně.
Do situace se vkládá i král Václav IV. Za pobytu v Kutné Hoře vydává patrně na radu Husa a jeho stoupenců tzv. Dekret kutnohorský /vydán v lednu 1409/, kterým se mění poměr hlasů na pražské univerzitě ve prospěch Čechů. Dosud měli jediný hlas,zatímco cizinci tři-jeden Bavoři, jeden Sasové a jeden Poláci. Cizinci tak měli možnost vždy české mistry přehlasovat. Teď se situace obrátila. Češi mají tři hlasy, cizinci pouze jeden. Je to velké vlastenecké vítězství Čechů na univerzitě. Na protest proti dekretu většina německých mistrů a studentů z Prahy odešla a vymohla si v německém Lipsku založení své univerzity. Němci odešli-pro Čechy jen dobře. Univerzita se výrazně počeštila.
Král jmenoval nejprve prozatímním rektorem univerzity Zdenka z Labouně, ale na podzim 1409 se jednoznačnou řádnou volbou stal rektorem Mistr Jan Hus.
